
Os seus principais afluentes na margem direita são: o rio Alge, o rio Cabril, a ribeira de Unhais, o rio Nabão, a ribeira do Paul e a ribeira de Pêra. Na margem esquerda encontramos a ribeira de Bogas, a ribeira de rio Caria, a ribeira da Malhadancha, a ribeira da Isna, a ribeira de Meimoa, a ribeira da Sertã e a ribeira de Teixeira.
Ao longo do seu percurso, podemos encontrar as seguintes albufeiras: Bouçã, Cabril, Capinha, Castelo de Bode, Cova do Viriato, Covão de Ferro, Meimoa e Santa Luzia.
A bacia do rio Zêzere tem 5062 km2 e possui uma densidade populacional de 55,81 hab/Km2. É constituída principalmente por xistos (53.7%), ocorrendo igualmente granitos e afins (15.9%), arenitos, conglomerados, calcários, calcários dolomíticos, calcários margosos, margas (18%), com menor expressão ocorrem quartzitos (4.9%).
A nível de fauna, entre as principais espécies que habitam o rio encontramos trutas-de-rio, carpas, bogas, achigãs e enguias. A flora que predomina nas margens do rio é constituída pelo Carvalho negral, Carvalho roble, Pinheiro marítimo, Sobreiro, Azinheira, Pinheiro manso.